Fakultas Perikanan berdiri tahun 1964. Pada saat itu Fakultas Perikanan hanya membuka 1 (satu) jurusan yaitu Jurusan Perikanan Laut. Untuk pertama kalinya Fakultas Perikanan dipimpin oleh Drs. Kambali sebagai Dekan dan Max Wibisino sebagai Pembantu Dekan. Tenaga dosen sebagian besar adalah dosen luar biasa yang berasal dari berbagai instansi pemerintah yang ada di Provinsi Riau, khususnya yang berada di Pekanbaru, dimana staf pada instansi tersebut yang berpendidikan sarjana diwajibkan oleh Pemerintah Daerah untuk mengajar di UNRI. Keadaan ini berlangsung hingga tahun 1982, sedangkan dosen tetap Fakultas Perikanan pertama kali diangkat pada tahun 1968 dan sejak itu perkembangan dosen dari tahun ke tahun terus meningkat.
Berkembangnya pengetahuan di bidang perikanan di Indonesia untuk eksploitasi sumberdaya perairan yang beragam, maka Jurusan Perikanan Laut sudah dirasa tidak sesuai lagi. Untuk itu, pada tahun 1976 disusun Rencana Pengembangan Fakultas Perikanan Delapan Tahun (1976-1983). Dalam rencana itu telah dirumuskan bahwa secara bertahap baru membuka Program Studi Teknologi Penangkapan Ikan, Teknologi Hasil Perikanan, Budidaya Perikanan dan Ekonomi Perikanan.
Sampai tahun 1977, Fakultas Perikanan menyelenggarakan pendidikan untuk jenjang Sarjana Muda (B.Sc), namun sebelum itu jenjang Sarjana (Ir.) dilaksanakan dengan sistem apliasi dengan Fakultas Perikanan Institut Pertanian Bogor (IPB) untuk jurusan Teknologi Penangkapan Ikan. Dengan sistem apliasi ini, untuk pertama kalinya pada tahun 1974, Fakultas Perikanan sudah menghasilkan lulusan sarjana. Sedangkan sejak tahun 1977, Jurusan Teknologi Penangkapan Ikan masih berapliasi dengan Fakultas Perikanan IPB untuk Program Sarjana, sedangkan Program Sarjana Muda masih diteruskan.
Sejak tahun 1985-2002, Fakultas Perikanan memiliki 2 (dua) jurusan yaitu Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan dengan 4 (empat) Program Studi (Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Budi Daya Perikanan, Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan Sosial Ekonomi Perikanan).
Namun, pada tahun 1988 jurusan ini ditambah lagi 1 (satu) program studi, yaitu Program Studi Ilmu Kelautan, dan Jurusan Pengolahan Hasil Perairan dengan 1 (satu) program studi, yaitu Program Studi Teknologi Hasil Perikanan. Selanjutnya berdasarkan SKDirjen Dikti No: GI/Dikti/2002 tanggal 13 Desember 2002, FPK UNRI, dimekarkan menjadi 6 (enam) Jurusan dengan 6 (enam) Program Studi, yaitu:
Tahun 2012, FPK UNRI membuka program studi S-2 (magister), yaitu Program Studi Ilmu Kelautan yang berdiri pada tanggal 10 Agustus 2012, sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia nomor 5463/E2.2/2012. Untuk meningkatkan peran FPK UNRI dalam bidang pendidikan nasional, maka pada Tahun 2016 FPK UNRI membuka program studi S-3 (doctoral), yaitu Program Studi Ilmu Kelautan yang berdiri pada tanggal 10 Maret 2016, sesuai dengan Surat Keputusan Menristekdikti nomor 118/KPT/I/2016. Sistem Satuan Kredit Semester (SKS) di Fakultas Perikanan mulai dilaksanakan pada tahun 1980, maka sejak tahun tersebut Fakultas Perikanan telah menyelenggarakan Program S-1 secara penuh tanpa apliasi dengan IPB. Dengan demikian sejak tahun 1979 program sarjana muda berakhir.
Dengan semakin pesatnya perkembangan ilmu perikanan dan kelautan, maka pada tahun 1999 nama Fakultas Perikanan menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK) dan sesuai dengan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 114 Tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Riau nama Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan menjadi Fakultas Perikanan dan Kelautan (FPK UNRI). Tahun 2015, FPK UNRI sudah merencanakan menerapkan kurikulum berbasis KKNI (Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia) yang akan diterapkan pada Tahun 2016.
Sejak berdiri hingga saat ini, Fakultas Perikanan dan Kelautan sudah mengalami 14 kali pergantian pimpinan. Adapun nama-nama mantan pimpinan Fakultas Perikanan tersebut dapat dilihat pada Tabel berikut:
